Die Stadt wurde wahrscheinlich in der zweiten Hälfte des 13.Jahrhunderts gegründet. Die erste schriftliche Erwähnung stammt aus dem Jahre 1318. Vodnany gehörte zum Eigentum des Herrschers und um das Jahr 1400 erreichte die Stadt die Stellung einer königlichen Stadt.

Im Mittelalter wurde die Stadt eine der Stützen des Herrschers gegen die Expansionsbestrebungen des mächtigen Adelsgeschlechtes der Herren von Rosenberg. Während der Hussitenkriege wurde die Stadt ein Mitglied von Tabor (Lager), der Regierung des Hussitenverbundes. Bis zum Anfang des 17. Jahrhunderts hatten die Leute hier keine katholische Konfession.

Die unruhige Situation im Land regte im 15. Jahrhundert und in der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts den Bau der mächtigen Stadtmauern an, die sich bis heute, bis auf drei um das Jahr 1840 zerfallene Stadttore, fast um die ganze Innenstadt herum befinden. Die Zeit der relativen Prosperität brachen gleich während der ersten Jahre des Dreißigjährigen Krieges ab. Im Jahre 1620 während der Eroberung der Stadt wurde die Vorstadt zerstört.

Wegen der Teilnahme an der Revolte gegen den Herrscher wurde der Stadt die Freiheit genommen und sie wurde auch mit Geldbußen bestraft. Negativ zeigte sich auch die erzwungene Rückkehr zum katholischen Glauben der Bevölkerung. Vodnany wurde erst im Jahre 1710 wieder Freistadt, als es für den Preis einer hohen Verschuldung zum Abkauf von der Verpfändung kam, die den großen wirtschaftlichen Niedergang der Stadt verursachte.

Im Jahre 1722 zerstörte auch ein großes Feuer die Stadt. Vodnany wurde dann nur ein regionales Zentrum mit übertragener Zuständigkeit im Rahmen der staatlichen Verwaltung.

In Vodnany betrieb man traditionelles Handwerk und auch andere Wirtschaftstätigkeiten. Im Mittelalter wusch man in der Umgebung der Stadt am Fluss Blanice und am Bach von Radomilice Gold aus. In Svobodne Hory westlich von der Stadt wurde Edelmetall gefördert. Diese Art des Unternehmens zeigt das Stadtwappen aus dem 16. Jahrhundert.Auf dem Wappen steht in goldenem Feld die Gestalt des Bergmanns, die den Schild mit dem böhmischen Löwen in der Hand hält.

Um die Wende des 15. und des 16. Jahrhunderts beschäftigten sich drei Generationen einer Familie in Vodnany mit dem Gießen von Glocken.

Die Lage der Stadt, die am Fluss liegt, spielte eine wichtige Rolle bei der Entwicklung des Müllerhandwerkes. Etwa zehn Mühlen nutzten die Wasserkraft des Flusses Blanice. Um die Hälfte des 20. Jahrhunderts infolge der gesellschaftlichen und wirtschaftlichen Veränderungen beendeten sie ihre Tätigkeit. Einige von ihnen dienen jetzt als Erholungs und Gesundheitseinrichtungen.

Die bedeutendste Tätigkeit bis in die Gegenwart ist die Teichwirtschaft, die in diesem Gebiet seit dem Ende des 15.Jahrhunderts existiert.

Die Vodnanyer Gemeinde und auch einzelne Bürger gründeten Teiche und änderten so die Nassgallen in eine kulturelle Landschaft, die Nutzen brachte.

Fische und Fischbrut wurden nicht nur im Inland sondern auch auf dem Auslandsmarkt in Linz, in Passau und in Salzburg verkauft.

Nach dem allgemeinen Niedergang d.h. ab Ende des 19. Jahrhunderts entwickelte sich die Teichwirtschaft wieder. Im 20. Jahrhundert machte die Erforschung der Fische und das Schulwesen für Fischzucht Vodnany in der ganzen Tschechischen Republik berühmt. In der Stadt hat die Fachschule für Fischzucht und Teichwirtschaft ihren Sitz, sie wurde im Jahre 1920 gegründet. Weiter gibt es hier eine Höhere Schule für Wasserwirtschaft und Ökologie und ein Forschungsinstitut für Fischzucht und Hydrobiologie, das zu der Südböhmischen Universität gehört.