Schon um das Jahr 1500 wohnten in Vodnany zwei Juden, Isaias und sein Sohn Abraham. Infolge des Königsediktes im Jahre 1542 musste sich der Jude Jakob aus der Stadt wegsiedeln.

Juden tauchten in Vodnany in den 30er Jahren des 17. Jahrhunderts wieder auf, sie kamen hierher mit der Herrschaft der Familie Marradas. Im Jahre 1698 ließen sie ihnen das jüdische Haus bauen. Obwohl Juden überwiegend in der Majerstraße wohnten, entwickelte sich das Ghetto in Vodnany nicht. Das jüdische Bethaus wird urkundlich im Jahre 1724 nachgewiesen.

Später gab der Stadtrat Juden einen Platz in dem Gemeindegarten in der Nähe von den Stadtmauern, wo sie in den Jahren 1743 - 1747 die jüdische Schule mit der Wohnung für den Lehrer erbauten. Die Schule diente auch als Synagoge. Diese Synagoge, die in der Nähe von der heutigen steht, wurde bis die Hälfte des 19. Jahrhunderts als Bethaus benutzt.

Im Jahre 1834 kaufte die Judengemeinde für den Bau der Synagoge einen leeren Platz, wo früher das Haus Nr. V. stand. Das neue Gebäude im klassizistischen Stil wurde ihrem Eigentum erst im Jahre 1860 zugeschrieben, dazu kam dann noch im Jahre 1868 das Gebäude der jüdischen Schule hinter der Synagoge. Die Gottesdienste fanden bis zum Zweiten Weltkrieg in der Synagoge statt. Seit dem Jahre 1959 dient die Synagoge als Stadtmuseum.

Das amtliche Verzeichnis aus dem Jahre 1746 zeigt, dass in dieser Zeit in Vodnany 52 Juden lebten.Im Jahre 1852 erwähnt man hier die Existenz von 22 jüdischen Familien. Bei der Einwohnerzählung im Jahre 1900 bekannten sich zum jüdischen Glaubensbekenntnis in Vodnany 149 Personen (3% aller Einwohner). Im Jahre 1930 meldeten sich dann 114 Personen an. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde die Judengemeinde in Vodnany nicht mehr erneuert. Dem Zweiten Weltkrieg sind 82 Vodnanyer Bürger der jüdischen Glaubensgemeinde zum Opfer gefallen. Die Vodnanyer Judengemeinde hatte jahrelang keinen eigenen Friedhof und sie beerdigten ihre Verstorbenen zur letzten Ruhe auf den entfernten Friedhöfen in der Umgebung. Erst im Jahre 1840 kauften sie von der Vodnanyer Gemeinde ein Grundstück, das zirka 3 km von der Stadt und 700 m vom Ort Prazak entfernt liegt. Am Ende dieses Jahres fanden auf dem neuen Friedhof die ersten Begräbnisse statt. Diesem Zweck diente er bis zum Zweiten Weltkrieg. Die ältesten Grabsteine stammen aus der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts. Der Friedhof wurde mit der Geldunterstützung von der Stadt Vodnany und privaten Personen und dank der Arbeit der Freiwilligen renoviert. Der Friedhof wurde am 6. September 1998 festlich übergeben und wurde für die Öffentlichkeit zugänglich.