Ein Teil des Museumsfonds ist die Museumsbibliothek. Sie besteht aus zwei Grundteilen - aus der fachlichen Handbücherei, die durchgehend komplettiert wird und ist nach der Ordnung der Bibliothek für Mitarbeiter des Stadtmuseums und Forscher zugänglich, und dem zweiten Teil ist die Sammlungsbücherei. Beide Teile haben einige Titel aus gemeinsamen Fonds. Die Buchsammlung erweiterte sich einerseits durch einige Akquisitionen, anderseits durch die Schenkungen und durch die Angliederung der unfangreichen Zusammenstellungen der Bücher. Unter die bedeutendsten Zusammenstellungen gehören die sog. Gelastusbücherei aus dem 16. Jahrhundert (Karel Pletzer, Die Bücherei von M. Havel Gelastus Vodnansky, Vodnany 1987), die Bücherei der Familie Herites, ein Teil der Bücherei der Familie Mokry, ein Teil der Bücherei von Josef Holecek, die Bücherei der Gründer der Stadtgalerie vom Ehepaar Zahour oder die Bücherei vom Dichter Milos Tuma, die selbstständig deponiert sind. Die Museumssammlungen erweiterten auch der ehemalige Fonds der Vodnanyer Schulen und die Handbücherei des Archivs der Stadt. Die Bücherei des Stadtmuseums und Galerie in Vodnany, die Grundbibliothek mit dem speziellen Buchfons bekamen am 28. 1. 2003 die Bescheinigung über die Eintragung in die Buchevidenz.